芽孢菌參與許多有機物的轉化及生物降解，多數為好氧或兼性厭氧微生物，菌體桿狀或球狀。芽孢是在菌體內形成的圓形或橢圓形的內生孢子。芽孢的代謝活力弱，對不良環(huán)境如高溫、干燥、化學藥品等的抵抗力強。
    分離步驟如下：
（1）將水樣接種于刺激芽孢生長的培養(yǎng)基中，35℃培養(yǎng)18～24小時。將培養(yǎng)好的菌懸液置于80℃水浴中加熱10～20分鐘以殺死不能形成芽孢的菌體。
    刺激芽孢生長的培養(yǎng)基如下：
蛋白胨      10g        KH2PO4   1.5g
酵母膏      3g         Na2HPO4  2 g
淀粉        3g         H2O     1000 ml
MgSO4·7H2O 0.1g       pH7.8
121℃， 15分鐘
（2）將加熱處理過的菌懸液稀釋為10-3、10-4、10-5，分別取0.5mL接入無菌平板，倒入芽孢菌分離培養(yǎng)基，混勻，置于35℃，培養(yǎng)18～24小時。
    芽孢菌分離培養(yǎng)基如下：
    用營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基與70Bx麥芽汁培養(yǎng)基，溶化后以1:1的量混勻即成.
營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基配方為：
肉膏      3～5g       NaCl     5 g
蛋白胨    10 g        瓊脂     15～20g
H2O       1000ml      pH       7.0～7.2
121℃，20分鐘
（3）挑取單菌落作分離純化培養(yǎng)：
    單菌落→液體培養(yǎng)基→菌懸液→劃線分離，經數次重復，直至由單個細胞形成單獨的菌落。